Bafra adının; Kızılırmağın denize açıldığı yerde (M.Ö. 521 yıllarında Fenikeliler zamanında) ticaret gemilerini yanaştığı koylara kurulan, ticaret evlerine, Bafira denilmesinden geldiği sanılmaktadır. 

Bu konuda ileri sürülen çeşitli iddialar vardır. Bazı kaynaklarda BAFİROS'dan söz edilir. Büyük bir ihtimale Venedikliler , Cenevizliler, ve Rumların bu ismi kullandığı tahmin edilmektedir. 

Bilhassa Rumların sonu (OS)la biten isimleri nazar-ı dikkate alınırsa bu biraz daha gerçeklik kazanabilir. 

Samsun'unda önceki ismi AMİSOS olduğu dikkate alınırsa bu kanıtların belki doğruluk payı vardır. Fakat Bafra'nın gerçek ismi olması yinede şüphelidir. 

Çünkü adı geçen toplulukların, her gittikleri yere , asıllarına ilaveten kendilerinin de bir isim koyma adetleri vardır. 

Dolayısıyla Bafra'nın asıl isminin yanısıra BAFİROS'un da takma ad olarak kullanıldığı ihtimali ortaya çıkmaktadır.